证券投资收益企业缴税的方式和程序一般如下：

1. 税种确定：根据国家税法和地方税收政策，证券投资收益企业需要确定应缴纳的税种。一般来说，证券投资收益主要涉及企业所得税、印花税、个人所得税等。

2. 报税申报：证券投资收益企业需要按照税法规定的时间节点，通过电子申报系统或纸质申报表，向税务机关报送企业所得税和相关税种的申报表。

3. 纳税计算：企业所得税计算一般采用核算方法，即根据企业实际经营情况和税法规定，计算应纳税所得额，然后按照相应的税率计算出应缴纳的企业所得税额。

4. 税款缴纳：企业需要按照税务机关规定的时间和方式，将计算得出的应缴税款及时足额地缴纳到指定的银行账户或通过其他缴税渠道缴纳。

5. 税务审查：税务机关可能对企业的纳税申报资料进行审查，核实申报数据的准确性和合规性。企业需要配合税务机关的审查工作，并提供相关的证明材料和财务资料。

6. 税务汇算清缴：一般每年年底，企业需要进行税务汇算清缴，即根据全年的经营情况和税法要求，对企业所得税进行最终的计算和结算，补缴或退还相应的税款。

需要注意的是，不同国家和地区的税法规定和政策可能存在差异，以上只是一般性的概述。对于具体的税务问题，建议咨询专业税务顾问或当地税务机关。